Неплохо было бы поглядеть запоминающим осциллографом или же любым другим способом убедиться в наличии (или отсутствии) коротких непериодических сигналов на выходах ШИМа
Так я и смотрел осциллографом С1-97 как в обычном режиме, так и в режиме однократных или редко повторяющихся импульсов (вроде так называется кнопочка 1х) а так же пробовал в ждущем режиме.