как мне кажется он сначала всё равно должен запуститься, а уж потом после срабатывания защиты "потухнуть"
Неплохо было бы поглядеть запоминающим осциллографом или же любым другим способом убедиться в наличии (или отсутствии) коротких непериодических сигналов на выходах ШИМа.