Получается что при каждом процессе записи флешка стирается?
С точки зрения флешки операции записи и стирания (причем стирание работает в нескольких вариантах) - это разные операции. С точки зрения ПО, которое вы используете для прошивки, операции записи и стирания выполняются в обязательной связке (сначала стирание, а потом запись).
Т.е. для "кусочного" способа нужно ПО, которое позволило бы вам вручную указывать последовательность операций стирания и записи.
Можно попробовать еще один вариант - записать только старшую часть прошивки (т.е. часть прошивки с bootblock'ом), а потом на матплате прошивать полный образ, воспользовавшись процедурой восстановления BIOS.
Т.е. для "кусочного" способа нужно ПО, которое позволило бы вам вручную указывать последовательность операций стирания и записи.
Можно попробовать еще один вариант - записать только старшую часть прошивки (т.е. часть прошивки с bootblock'ом), а потом на матплате прошивать полный образ, воспользовавшись процедурой восстановления BIOS.