как вообще видеокарта инициализируется, через какие контакты в порту PCI-E
Непосредственно по каналам PCI-E, т.е. опорная частота - REFCLK+-, линии приемника - HSIn/p(x), линии передатчика - HSOт/p(x).
Для более детального изложения нужно будет читать спецификацию PCI-E.
Для более детального изложения нужно будет читать спецификацию PCI-E.