могу подписаться под любым из советов. от

могу подписаться под любым из советов.
от перекоса не избавишся , ковыряя обвязку ШИМ. Цепь стабилизации одна на оба канала.
проверяй этот блок на других конфигурациях, где ШИМ процессора запитан от 12в.

а на эту конфигу  попробуй поставить другой , старый БП (без дополнительного кабеля 12в).
как вариант можно поколдовать со сборками шоттки и выходным дросселем или напаять 
на печатную дорожку +5в дополнительный медный провод , иными словами придётся ковырять силовую часть 
канала +5в и +12в , чтобы уменьшить внутреннее падение напряжения в канале +5в и увеличить 
оное в канале +12в. . ( можно и в силовой транс залезть , полвитка убавить по 12в  )
Я бы не стал этого делать, может на другой конфиге перекоса и так не будет.