1. Backup снимали на той же плате,

1. Backup снимали на той же плате, которая используется для прошивки? Тогда это уже не backup.
2. По образу - он у вас правильный, но IMHO надежнее найти окончание BIOS, а не его начало.

3. Теперь понятно появление ошибки - эта плата прошивает только половину флешки. Поскольку "backup" у вас состоит из двух одинаковых половинок, то эти половинки успешно прошиваются в одно и то же место, а потом два раза считываются и успешно сравниваются. поскольку реальная прошивка имеет отличающиеся половинки, то результат - ошибка.

Можете вручную подавать на старший адресный вывод нужное напряжение (хотя IMHO придется его изолировать от остальной схемы) и прошивать по половине BIOS за один раз. Единственный нюанс - что будет при стирании. Хотя это тоже легко проверяется считыванием.