Хм, во-первых никаких защитных диодов там нет, только

Хм, во-первых никаких защитных диодов там нет, только выпрямительные.

Во-вторых, схема выпрямителя примитивна до безобразия, два диода, дроссель и конденсатор - проверить всё это очень просто. Электролиты какие на выходе стоят? Нагрузочный резистор (примерно сотни ом) в канале -12В есть?

В-третьих, в дежурном режиме та часть блока, которая формирует выходные напряжения +5, +12, +3.3, -5 и -12 - выключена, физически неоткуда там взяться -2 вольтам. Проверьте все остальные напряжения, может ШИМ не полностью выключен и выдает короткие импульсы, за счет которых и появляется напряжение.

И заполните наконец анкету - даже неизвестно, на каком ШИМ-е собран Ваш блок, а Вы советов просите.