Платы GA-G31M-S2L и GA-P31-DS3L проблемы с USB controller

По первой софтовая проблема наверно. Вин с нуля ставили, а линукс если?

Может быть, блок питания дает заниженное или пульсирующее напряжение
по цепи +5V Standby, а USB иногда критичен к этому больше, чем другие устройства.
Попробуйте повторить проверку с другим блоком питания.

Если напряжение заниженное надо и другие устройсвах не работает. А и не будет работает и в USB1.1 режим

Смотря насколько заниженное. Если вместо +5V будет около +3V не будут работать все устройства.
Но если вместо +5V будет около +4.2 ... +4.3V (например), то возможно, что некоторые устройства
сохранят работоспособность, а некоторые нет. Возможно USB 2.0 контроллер (EHCI) оказался
более чувствительным к отклонению напряжения, чем другие устройства.

Да у вас не хватает силы тока чтобы запустился USB "память".... Либо шнур плохой либо электронника, но на плату я бы сразу не стал грешить

Дык, в досе же хватает питания, биос шьет с флехи.

Понимаю, что версия о питании не самая вероятная, но лучше начать с ее проверки,
так как поставить заведомо исправный блок питания для проверки проще, чем заменить южный мост.
Работа в дос не опровергает версию о питании, может по разному работать программное обеспечение:

при работе в дос используется SMM-драйвер входящий в состав BIOS, при работе в Windows - драйвера Windows.
может так получиться, что в дос при ошибке в режиме USB 2 драйвер переключается в режим USB 1
(поэтому работает), а Windows ту же ошибку обрабатывает по-другому, без попытки переключиться в режим
USB 1 (поэтому не работает).
Да, маловероятный сценарий, но до замены моста его нужно проверить.
Ну и разумеется кабели, качество разъемов, драйвера Windows тоже могут быть причиной.

Нужно измерить осциллографом пульсации по цепям питания южного моста
и цепи +5V питающей USB порты.
Нет ли вздувшихся электролитических конденсаторов по этим линиям?
Понятно, что если питание сильно заниженное, это повлияет не только на USB, но
возможны такие "переходные" состояния, при которых USB1 еще работает,
а USB2 уже не работает. Например, если пульсации по цепи +5V амплитудой около 0.5V.

Думаю что питание USB порты в норме, а измерил 4.98V . Кроме того я сделал дирекная связ от АТХ 5V на USB порты , резултат НЕТ. Только не проверял на осцилоскопе пульсации по цепи +5V.

Еще есть несколько линий питания южного моста: +1.05V, +1.5V, +3.3V.
Там часто вздуваются электролитические конденсаторы в импульсных регуляторах.

Хотя лучше, конечно, проверить пульсации осциллографом.

Теоретически может быть проблема с тактовым генератором - нестабильность
линии 48MHz, которая тактирует контроллер USB.
(подчеркиваю, речь о частичном отказе тактового генератора,
при полном его отказе не запустится плата).

Надо посмотеть, нет ли частично пробитых защитных диодов по цепям Data+, Data-
портов USB (в некоторых платах есть диоды между GND и цепями данных портов USB).
Понятно, что пробитый диод защитный приведет к неработоспособности
порта, к которому он подключен. Влияние пробитого диода в одном порте на работу
другого порта зависит от того, как драйвер обрабатывает ошибки портов.

В теории так, на практике, боюсь, что после выполненных проверок главный
подозреваемый - южный мост.