-12V никто и не убирал. -5V идет на шину

-12V никто и не убирал.
-5V идет на шину ISA, и устройства к ней подключенные имеют право этим напряжением пользоваться (таких устройств очень мало, в основном некоторые старые звуковые карты).
Также теоретически возможно использование -5V для подачи напряжения на подложку очень старых микросхем памяти (как в некоторых советских ЭВМ), но в IBM-PC/XT/AT таких микросхем никогда не встречал и не слышал о том чтобы они когда-либо применялись в PC.

Хотя конечно возможно наличие какой-нибудь логики, которая использует -5V. Например ASUS P2B, P3B-F и многие другие контролирует и измеряет

напряжение на линии -5V и в случае его отсутствия дает сообщение
"hardware monitor found error", но эту проверку можно отключить.
GA-686LX случае отсутствия -5V просто показывает ошибку, но работает.