PCIE_WAKE# - это выход с miniPCI, а

PCIE_WAKE# - это выход с miniPCI, а также с LAN. Выходы сходятся в одну точку и приходят на EC. Если уровень PCIE_WAKE# низкий - система просыпается (если была в одном из энергосберегающих режимов). Т.е. если вывод 1 разъема miniPCI низкий уровень (как и есть в моем случае) - система включена (так и есть). Предполагаю, что если усыпить, то на этом выводе (1) будет 3.3В, транзистор закрыт, уровень сигнала PCIE_WAKE# будет высокий (скорее всего, он в самом EC подтянут, ибо по схеме больше нигде нет, ну может еще и в LAN).
Т.е. если либо сетевой чип, либо карточка выдаст сигнал пробуждения, то в любом случае придет 0 на EC, и система проснётся (если настроено так).

Таким образом, вывод 1 на разъёме - это выход карточки (да и уже спецификацию нагуглил, там тоже так написано), и на её работоспособность не должно влиять, только на выход из спячки.

Есть только еще одно маленькое предположение - что если сетевушка выдавала лог 1 на PCI_WAKE# (всё время, пока работает, за исключением момента wake_on_lan, если произойдёт), а через транзистор Q20 это напряжение попадало на вывод 1, и УЖЕ ВНУТРИ самой карточки как-то используется, например, для какой-нибудь инициализации. Тогда при отсутствии напряжения не будет и карточка работать.
Короче, надо промерить куда идёт с вывода 1, и что там на транзисторе, ну и на 20 выводе площадки под LAN.
Кстати, на схеме где сетевушка подписано "Int PU in SB". Как я понимаю, это Internal pull-up in south bridge (внутренняя подтяжка в ЮМ). Наводит на определённые мысли...

жаль, даташита на сетевушку так и не нашёл. Посмотреть бы, что там внутри по 20 выводу.

P.S. нашел еще две подтяжки по 10 кОм к +3v_lan и к +3v_s5