Если на винте есть раздел - винда

Если на винте есть раздел - винда на него будет постоянно в фоне лезть (то ли фоновая дефрагментация пытается стартонуть, то ли запись какой-то служебной инфы в ФС типа времени последнего обращения, то ли еще чего - не смотрел специально), соответственно - задержка чтения.
Винт вполне адекватно выглядит, медленные сектора - не редкость на емких винтах с большой плотностью.