Проблема с USB портами

С какого? С линуксового - тоже самое?

savely, скорей всего репаковского, от известных создателей вирусов.

Нет, с hirens boot cd, там есть загрузка с mini windows xp. Система установлена Windows 7, даже с карты PCI-USB 3.0 также глючит.
Вот думаю, софтовая это проблема, или железо виновато.

винда на HBCD страдает проблемами при работе с юсби устройствами - в 50% случаев флешки либо определяются через Ж, либо вовсе не работают. Хотя тот же HBCD спокойно с флешки загрузился
Так что, ИМХО, софтовая проблема. Скачайте какой-нибудь свежий линукс (скажем, мандриву 2010 и выше или магию2, 3 версии) - там есть режим лив-сиди, и работает как полноценная ОС, тут же и посмотрите как флешка определяется и если не определяется, можно уже и тут же продиагностировать. Например, командой dmesg | grep usb посмотреть, что там обнаружилось, или lsusb посмотреть все юсби устройства.

Загружался с линуксового Knoppix Boot CD открывает флешки - значит проблема в винде. Нарыл две программы для удаления хвостов от подключаемых раннее USB-устройств - usbdeview и usboblivion - почистил ими, в диспечере устройств удалил скрытые usb-устройства, вроде флешки стали определяться, но всё равно как то через раз, нестабильно. Придётся всё таки переустановить систему.

usbdeview - более полно трудно чем-то почистить. Хорошая програмка.
Но встречаются разные утилиты (часто в виде утилит от контроллеров флешек), которые прописывают определенные модули в виде так называемых "верхних фильтров класса устройств" и "нижних фильтров". Соответствующие модули работают как драйверы устройств или классов устройств (вполне может и заменить usb-storage). Вот тогда начинается и пляска с бубном. Либо вручную искать, вспоминать что ставилось и когда, и по имени файла искать, где прописался, и удалять его и ссылки на него, а потом ставить заново драйвер на usb-storage. Но проще - сделать откат системы на более раннюю точку восстановления (если не отключено, и точки есть). Кардинально - переустановить систему.

Кстати, в линуксе тоже бывают проблемы с открытием флешек - например, когда устройство пропишется определенным именем, но в процессе определения пропадет (или вытащить или если само устройство нестабильно работает), и тогда система "забудет" удалить файл-ссылку на устройство, и в дальнейшем не сможет его примонтировать автоматом. Придется найти файлик, удалить (иногда нужны права root), и потом все работает. Было, нарывался.
Другой вариант - когда флешка "прикидывается" жестким диском, а система определяет её как fixed disk, соответственно (опять же от настроек зависит) автоматом не монтирует, а при ручном монтировании требует права рута, ну и приходится выставлять руками опции монтирования, типа как доступ на чтение-запись и т.п. Со временем, конечно, обновлениями это все устраняется, но от глюков железа не спасает - разработчики по умолчанию считают, что все устройства работают исправно. И какого-либо софта под линуксом, который бы считал, что устройство может работать неправильно, и действовать по другим алгоритмам (да хотя бы дать детальный и внятный ответ пользователю, что случилось, и что можно сделать) - я не видел.