Вообще-то надо было начинать с уточнения

Вообще-то надо было начинать с уточнения того, какой конденсатор вы хотите поставить (кстати, до сих пор не ясно).

Как обычно - глаза, руки, мультиметр, немного раздумий. отрицательные напряжения на разъеме AGP не присутствуют, так что достаточно определить, куда подключена земля (если конденсатор стоит параллельно источнику напряжения или выходу стабилизатора/коммутатора).