Нагрузку всем каналам блока надо давать одновременно. А

Нагрузку всем каналам блока надо давать одновременно. А Вы +3,3V не нагружали. Кроме того нагрузка должна быть активной, то есть сопротивление должно иметь линейную характеристику. Надо нагружать также и +5Vsb. А проверять параметры не только мультиметром но и осциллографом! Можно посмотреть изменения выходных напряжений в динамике с помощью стрелочного мультиметра в режиме измерения напряжения. У Вас действительно могут быть проблемы с основным (20/24) разъемом АТХ, кроме взрастания преходного сопротивления в месте обжима проводов, может возрастать переходное в самом месте стыка со штырем ответной части разъема. Там пластик случайно не пожелтел? Проверьте провод ОС по каналу +3,3V.