В этом вопросе для начала надо понять принципы

В этом вопросе для начала надо понять принципы работы подобных инсталляторов и знать хотя бы основные понятия работы с дискетами. Например, что если мы движок защиты дискеты от записи переводим в положение "защита", то ЧИТАТЬ эту дискету на исправном дисководе (не царапающем дискету) мы можем как угодно и сколь угодно - очевидно, что НИЧЕГО при этом с ее содержимым произойти не может и никакая прога, находящаяся на дискете, об этом не узнает.

Далее. Если на дискетке имеются всего ТРИ инсталляции - значит, алгоритм действий этого инсталлятора (по максимуму) должен быть таков:
а)Запускается начальная часть инсталлятора, его заставка, сообщения и диалог с пользователем.
б)Проверяется, с РОДНОЙ ли дискеты он запущен.
в)В специальном, только ему известном месте дискеты, считываются показания счетчика.
г) Ежели число проведенных инсталляций меньше двух - увеличиваем счетчик на 1 (на дискету должна быть разрешена запись, иначе инсталляция заткнется на этом месте), и после успешного завершения процедуры уменьшения счетчика и проверки его нового значения повторным чтением, переходим собственно к инсталляции.

д)Ежели же число инсталляций уже равно двум - производим вышеуказанные действия, но перед окончанием выполнения пункта (е) затираем любой из секторов дискеты с инсталлятором.
е) Собственно блок инсталлятора.
Пункт (д) может и отсутствовать. Тогда в пункте (г) если число инсталляций уже равно трем - просто сообщаем об окончании работы.

Пункт (б) - также необязательный, но ежели в Вашем случае он присутствует - операции по копированию такой дискеты могут существенно усложниться.

А теперь - решайте, что КОНКРЕТНО Вы хотите получить в итоге.

1. Вы хотите просто снять копию с дискеты, а потом вести с этой (скопированной) дискеты инсталляции.
2. Хочется с ЭТОЙ же дискеты ставить дистрибутив несчетное число раз.
3. Вам плевать, дискета это или нет, просто надо, чтоб инсталляция работала.
4. Вы хотите разобраться, как именно это устроено в конкретном Вашем случае.

Решения.

1. Находим дистрибутив такой шикарной программки (кстати, российская разработка) - FDA. Floppy Disk Analiser. Версии 6.1, например. С подробным описанием. Инсталлируем его как простейший копировщик (в 80% случаев этого достаточно). Копируем с его помощью нашу ИСХОДНУЮ дискету. Пробуем инсталляции с нее. Если все проходит - Вы победили. Если нет - придется работать с FDA в профессиональном режиме, это потребует достаточно много времени и сил. Исходную дискетку Вы при правильных действиях не испортите.

2. С помощью того же FDA (ежели все прошло удачно в первом случае - или наоборот, пункт (б) никак не удается забороть), делаем максимально полную копию дискетки ДО проведения ОДНОЙ инсталляции - и ПОСЛЕ нее. Эти копии сравниваем посекторно.
После этого, или с помощью FDA, или с помощью программы ANADISK, или ADM (Advanced Disk Manager) можно записывать в нужное место исходной дискетки нужное значение счетчика.

3. Здесь Вам потребуется некоторое знание программирования и умение работать с отладчиком. Запускаете программу в режиме отладки и пытаетесь "выкусить" из нее привязанный к дискете кусок (пункты (б)-(д), оставив живым сам инсталлятор. Иногда это легко, иногда - оч-чень непросто.

4. Долго (месяц-два как минимум потребуется) изучаете код программы и ее действия с дискетой в разных условиях. Зато потом сами сможете делать такое - не с дискеты, так с флэшки.