Я просто не понимаю такой постановки задачи: зачем

Я просто не понимаю такой постановки задачи: зачем городить распараллеленную систему, имеющую единую точку отказа by design, особенно, если для этого еще требуется заниматься изобретением велосипеда?
Что до поддержки огромного количества DNS то это сколько?

По моему не очень обширному опыту Bind@*nix достаточно эффективно использует системные ресурсы чтобы процессор который можно установить на плату с 2GB Ram и гигабитной сетевухой вдруг не справился, а если имеется ввиду использование решений от MS, то это имеет смысл только тогда когда DNS ставится в комплекте с AD, но тут не о DNS надо разговаривать, да и использование единственного SATA диска при любом варианте, IMHO, не лучший вариант.
Так что Вы либо что-то недоговариваете, либо что-то недопонимаете...