При старте c дискеты MS-DOS читает таблицу

Цитата:
При старте command.com с дискеты он какую то запись на жестком диске проверяет.

При старте c дискеты MS-DOS читает таблицу разделов, находящуюся в MBR (Master Boot Record). Просто для того, чтобы гордо рассказать вам про то, что у вас есть диск C: lol
При кривом или нечитаемом MBR - поведение MS-DOS зависит от степени кривости MBR и от версии MS-DOS.
Посему в таком случае для исключения таких программных заскоков -


1. Отключаем HDD в BIOS Setup.
2. Пробуем грузиться с дискеты. При отсутствии HDD в BIOS Setup - MS-DOS "уже никто никуда не лезет".
3. Если ОК - дело в логике, можно использовать Victoria или MHDD для диагностики HDD или очистки MBR (т.к. этим программам не требуется определение HDD в BIOS Setup).

Цитата:
У нас в одном из банков такая защита на компах применена

Теперь видим, что такая защита обходится на раз. Кроме того - возможно применение клона MS-DOS с открытыми исходниками и отрубленной работой с HDD, а далее работа своим софтом через INT13 или порты.